Спустя 32 года после кончины святого Гурия и через 20 лет со времени преставления святого Варсонофия, по повелению царя Феодора Иоанновича, начали строить на месте деревянной каменную церковь в честь Преображения Господня в Спасо-Преображенском монастыре, основанном святителем Варсонофием. Когда начали копать рвы и выкопали гробницы святых Гурия и Варсонофия, – 1596 года, 4 октября, – то возвестили о сем митрополиту Гермогену, бывшему тогда архипастырем Казани. Митрополит, совершив литургию и панихиду, пришел в монастырь со всем освященным собором. Открывши гроб святого Гурия, они нашли его наполненным благовонным миром; тление коснулось лишь немного верхней части губ, даже ризы святителя были целы и казались крепче новых. Подобным образом открыли гроб святого Варсонофия и также обрели мощи его целыми и нетленными, как и мощи святителя Гурия; тление коснулось лишь только ног преподобного, но не разрушило костей, совершенно крепких. Честные мощи святителей переложили из тех гробов в новые ковчеги и, при пении надгробных песнопений, поставили поверх земли, чтобы все приходящие могли видеть и с верою лобызать их. Многие больные исцелились, помазавшись святым миром, истекавшим от мощей святителя Гурия.
Сам святитель Ермоген так описывает это событие:
«Видехом диво, его же не надеяхомся. Рака босвятагобе полна благоуханна мира, как чистой воды, мощи же святаго Гурия вверху мира, яко губа ношахуся. Нетлением бо одари Бог честное и многотрудное его тело, яко и ныне зрится всеми. Токмо мало верхния губы тление коснуся, прочие же его уды целы быша, ничем же невредимы. Осязахом же и погребальные ризы его и бяху крепки зело. Потом же открыхом раку преподобнаго Варсонофия и видехом: многим нетлением почтени от Бога мощи святаго Варсонофия. К ногам преподобнаго тление коснуся, но обаче не токмо кости не разрушены, но крепки бяху зело и никакоже слабости в составе имуще, яко же и Гурию святителю. И погребальныя ризы такожде, яко и Гурию преподобному, новых крепчае».
В Иконописном Подлиннике под 4/17 октября сказано:
«Гурий подобием сед, брада, аки Василия Кесарийского, в шапке, в омофоре, в руках Евангелие, риза святительская. Варсонофий подобием надсед, брада, аки Гуриева, на конец раздвоилась, в шапке, риза святительская, омофор и Евангелие».
Возвещено было об этом письмом царю Феодору Иоанновичу и Патриарху Иову. Благочестивый царь и Святейший Патриарх, весь царский синклит и множество народа, узнав о сем, прославили Бога, прославляющего святых Своих. Благочестивый царь повелел хранить святые и многоцелебные мощи святителей в особом приделе, с южной стороны алтаря большой церкви, которая, ради этой святыни, вскоре была благолепно украшена. В этом приделе, когда он был устроен, мощи святителей и покоились в упомянутых новых ковчегах, источая верующим исцеления во славу Бога.
Чудодейственную силу нетленных мощей первым ощутил на себе инок Иоасаф. В голову его пришла дурная мысль вскрыть раку святого Гурия. Но как только он коснулся реликвии, руки его стали гореть жаром огненным, причиняющим нестерпимую боль. Иоасаф, осознав свой грех, начал молить святителя о прощении. На что получил исцеление не только от нового недуга, но и от лихорадки, донимавшей его долгие годы.
***
Ключарь собора, давно мучившийся от боли в глазах – такой, что невозможно было даже принимать пищу, попросил братьев отвести его к раке 4 декабря, аккурат в день памяти святого. Придя же на место, с искренней верой приложился он к мощах нетленным и получил полное исцеление.
***
Особенно чудесным было исцеление диакона Панкратьева. Болезнь его была столь тяжелой, что в скором времени предстояло ему отойти в мир иной. Будучи в страшных муках, молился он Господу и умолял о помощи чудотворцев Казанских, явленных недавно. И вот однажды, находясь в состоянии «тонкого сна», виделось ему, будто видит он архиепископа Гурия в соборном храме. Святой протянул ему руку правую, но диакон пал ниц на землю. Неспешно подняв его с колен, святитель молвил: «Не скорби ты, раб Божий Иоанн. Помиловал тебя Господь, и будешь ты здрав. Но надобно благословиться тебе у друже моего Варсонофия». Святой лично отвел его в правый угол собора, в котором находился епископ Варсонофий, и молвил спокойным голосом: «Брат Варсонофий! Любезно благослови Иоанна и ниспошли ему излечение от болезни». Благословляя, Варсонофий изрек: «Не скорби, Иоанн! По твоей к Богу вере будешь ты здоров». Мгновенно придя от сна в сознание, Иоанн Панкратьев стал молиться со слезами на глазах перед иконою святителя, понимая, что он полностью здоров.