История возникновения построек Раифского монастыря, их художественный облик представляют несомненный архитектурный интерес. Несмотря на утраты и более поздние постройки, монастырь сохранил цельность облика до наших дней. Это единственный в Татарии сохранившийся монастырский комплекс, выдержанный в стиле барокко и предшествующих традиций XVII в.

Первоначально все монастырские постройки, включая ограду, были деревянными. Источники упоминают церкви во имя Св. Ефимия, во имя Происхождения Честных Древ Креста Господня, во имя Грузинской иконы Божьей Матери. По одной из надвратных церквей во имя Преподобных отец в Синае и Раифе избиенных монастырь и получил свое название.

Современный каменный ансамбль сложился за короткое время в 1690-1717 годы. Сохранившееся изображение монастыря работы неизвестного художника показывает, насколько выразительным в целом этот ансамбль был в XVIII cтолетии. На ней ясно читается его композиция, изображенная со стороны озера, в водах которого монастырь отражается множеством своих башен и глав. Достаточно точно воспроизведены сами постройки.

Сравнительно небольшой по размерам комплекс, в плане имеющий форму пятиугольника, был обнесен по периметру невысокими стенами с башнями. Эта ограда носила традиционный для монастырей предшествующего времени оборонительный характер, оправданный здесь расположением обители вдали от города среди инородцев. Она во многом определила выразительный облик ансамбля. Как обычно, по углам крепости стояли круглые башни, а на пряслах - прямоугольные, проездные и с церквями. Планировочную ось ансамбля определяли Святые врата. Главная дорога из Казани вела к Святым вратам в восточной стене. Вторые Святые врата "к озеру" акцентировали парадный фасад монастырского комплекса с южной стороны. Кроме того, проездные ворота были устроены также в северной стене монастыря, вблизи хозяйственного двора.

Композиционным ядром монастырского комплекса являлись два каменных храма - собор во имя Живоначальные Троицы и церковь во имя Преподобных отцев в Синае и Раифе избиенных, поставленные в центре монастыря по сторонам главной оси. К церкви Преподобных отец примыкала колокольня, служившая высотной доминантой всего ансамбля.

Церкви, которых в 1739 г. насчитывалось до 15, располагались также в башнях и ограде. Софийская церковь возвышалась над северной монастырской стеной. Была также церковь в южной ограде. К Софийской церкви с восточной стороны примыкал корпус с братскими кельями (так называемые «Алексеевские покои»).

Еще одни братские кельи располагались у южной стены, примыкая к ризнице. Настоятельские (казначейские) покои тянулись вдоль западной стены. Есть сведения о том, что в одном из корпусов находилась больница, учрежденная в монастыре в 1724 г. Юго-восточную часть монастыря слева при входе занимало кладбище, а дальний северо-западный угол - хозяйственный двор.

На повороте к монастырю от казанской дороги справа стояла деревянная часовня, позднее она была перестроена в камне.

Таким образом, направление движения пришедшего в монастырь паломника складывалось следующим образом. При входе ориентиром для него служила церковь Преподобных отцев, и дорожка, минуя кладбище слева, вела прямо к ней.

Затем посетитель видел Троицкую церковь, и дорожка направлялась туда, обогнув церковь Преподобных отцев. От Троицкой церкви открывалась перспектива с видом на Святые врата "у озера" в створе двух храмов. Дорожка приводила на открывшуюся площадь, сформированную двумя храмами, братским и настоятельским корпусами. Такая пространственно - планировочная структура не менялась на протяжении всего времени существования монастыря и сохранилась до наших дней.