Двухпрестольный каменный храм построен в 1712 году на средства известного казанского купца, строителя Петропавловского собора города Казани Ивана Михляева и перестроен в 1896-1898 годы на деньги казанского купца, выходца из крестьян села Алат Зиновия Иосифовича Баженова — его отец был старостой церкви.
В церкви находился местночтимый образ Казанской Божией Матери, в археологическом отношении замечательный образ Смоленской Богоматери, вырезанной на черном камне.
Храмозданной грамоты не сохранилось. Не сохранилось также сведений, кем был освящён храм. Известный в Казани купец и фабрикант Михляев, вероятно, для большей торжественности освящения храма в инородческой глуши пригласил ревностного храмоздателя и просветителя иноверцев митрополита Тихона III. Престол в главном храме носит ясные знаки архиерейского освящения: полное (крестообразное) опоясание. Главный храм существует в том виде, как он был первоначально построен из громадных брусьев дикого камня: лишь три окна в алтаре и одно на правом клиросе расширены. В 1897-98 годах храм, за исключением, алтаря, из-за тесноты и трещин вместе с колокольней были перестроены и увеличены в размерах на средства местного уроженца 3.И. Бажанова и других. О посещении храма правящими архиереями до 1867 года документальных сведений нет. На освящении храма в 1712 году был митрополит Тихон (Воинов), а митрополит Вениамин (Пуцек-Григорович), по преданию, любил жить на даче около приходской деревни Алан-Бексер. Следовательно, мог посетить и храм в Алатах. В 1867 и 1889 годах храм посетил архиепископ Антоний, в 1896 году — архиепископ Владимир, из викарных архиереев: в 1890 году храм посещал епископ Сергий, в январе 1901 года — епископ Иоанн, в июле 1902 года — епископ Алексий (Молчанов), 2 сентября 1913 года — епископ Михаил, 16-17 декабря 1914 года, 9 и 12 октября 1915 года — епископ Анатолий.
Как видно из напечатанных профессором И.М. Покровским приходо-расходных книг митрополита Казанского Тихона на 1706 год, здесь до существующего каменного храма были одновременно деревянные церкви: Казанской иконы Божией Матери и Воскресения Христова. Празднование верующими сельчанами, кроме Казанской иконы Богородицы ещё Крещения Господня, как престольного праздника, побуждает предположить, что в Воскресенской церкви был придел во имя Богоявления. На месте Казанской церкви в 70-ти саженях ниже на северо-запад от настоящего храма поставлена каменная столбовая часовенка, обнесённая небольшой оградой. Бывшее около этой церкви кладбище было занято под жилые постройки и ограды. Прежде тут при копании земли встречались черепа и прочие человеческие кости. Место Воскресенской церкви точно неизвестно и ничем не отмечено. Старожилы говорят, что она была на Алатской горе.
Наружный вид существующего каменного храма показывает тяжелую, как бы придавленную своей тяжестью старую постройку главного храма, не вполне гармонирующую с более легкой новой колокольней.
Кресты над храмом и колокольней железные, позолоченные. При постройке Михляев железа и камня не жалел. Стены толстые и прочные. Недаром в нем при нашествии пугачевцев летом 1774 года население надеялось найти не только одну духовную защиту. В северной двери сохранилось отверстие, сделанное для наблюдения за пугачевцами в 1774 году спасавшимися в храме алатцами. Окна в старой части храма небольшие в два яруса, в новой — высокие. Входные двери расположены с запада и севера. Ограда каменная с железной решеткой: кроме западных врат есть ещё с северной стороны такие же; ограда построена в 1886-1888 годах.
На колокольне находилось семь колоколов: первый — 106 пудов 13 футов отлит в Саратове в 1882 году на заводе Гудковых. На нем изображены Казанская икона Божией Матери, Нерукотворный образ Спасителя, Архистратиг Михаил, святитель Николай Чудотворец и ангелы, а также надпись: «Благовъствуй день отъ дне спасенiе Бога нашего. Благовъствуй, земле, радость велiю, хвалите небеса Божiю славу. Господи возлюбихъ благолъпiе дому Твоего и мъсто селенiя славы Твоея». Приобретен колокол старанием протоирея Н.Л. Измайлова и председателя церковного правления попечительства И.А. Бажанова. Второй — 45 пудов 5 футов отлит в 1834 году в Казани Антоном Тимофеевым. Приобретен старанием священника К.И. Флиоринского с прихожанами. Третий — 15 пудов с надписью: «литъ въ городе Алатыхъ въ 1749 г.». Четвертый — около 12 пудов надтреснут. Пятый — приблизительно 6 пудов. Шестой — 1,5 пуда. Седьмой — 30 футов, без надписей.
По историческим данным внутренний вид церкви производил более цельное впечатление, чем наружный: хорошая стенная живопись, богатые оклады икон, четырёхъярусный позолоченный иконостас с иконами древнего новгородского письма, прекрасный резонанс; все это заставляет понимать, почему большинство даже ревностных прихожан второй части прихода, не смотря на отдаленность от Алат, неохотно говорит о постройке храма в деревне Малый Починок, хотя храм там весьма был необходим.
Главный алтарь отделяется от храма капитальной стеной в 2 аршина 9 вершков толщиной с тремя арками в ней для царских врат, северных и южных дверей, поместительный — 4 сажени 8 вершков шириной и 2 сажени длиной.