Родился 20 сентября 1412 г. в городе Кашине Тверской губернии в купеческой семье. Родители его обещали, что если у них будет сын, то они посвятят его Богу. С юных лет отрок стал вести жизнь постническую, изнуряя тело свое и удаляясь от детских игр. Оставив родительский дом, преподобный ушел в Калязинский монастырь Живоначальной Троицы. Пробыв в обители три года, он по чудесному откровению перешел в монастырь преподобного Саввы Вишерского († 1461 г.; память 1/14 октября), где в 1437 г. принял монашеский постриг.
Родители, найдя преподобного Ефрема в обители, решили уговорить его возвратиться домой, но юный подвижник убедил их самих поступить в монастырь. В 1450 г. по благословению игумена святой поселился в келлии для безмолвных подвигов на озере Ильмень, близ устья реки Веренды. Здесь, смиряя «плоти похотныя мудрование», изнуряя себя «постом и молитвами» и претерпевая «жестокое житие», преподобный Ефрем пребыл «в пощениих многа лета», подражая древним великим отцам-пустынножителям.
Приняв сан пресвитера, св. Ефрем положил основание монастырю в честь Богоявления. Для удобной доставки воды в обитель преподобный прокопал проток из реки Веренды в Ильмень-озеро, от чего обитель получила название Перекопской, или Перекомской.
После многих иноческих трудов преподобный Ефрем преставился 26 сентября 1492 г. 80 лет от роду. В 1509 г. монастырю грозило разрушение из-за частых наводнений. Преподобный Ефрем, явившись во сне игумену, указал новое место для расположения обители.