Происходил из знатного рода, получил блестящее светское образование, был видным сановником при дворе императрицы Ирины. В 787 г. святой присутствовал на VII Вселенском Соборе в Никее, где явил себя ревностным защитником Православия. Тяготясь придворной жизнью, св. Никифор оставил все почести и стал вести уединенную, подвижническую жизнь. В 806 г. за свои добродетели святой был избран патриархом Константинопольским. Он мудро управлял Церковью и твердо держался Православия.
В царствование Льва Армянина святитель, как защитник святых икон, был низвержен с престола и сослан на остров Проконнис в Мраморном море. На пути к месту заточения, когда святой проплывая мимо страны, где подвизался преподобный Феофан, игумен великого села, оба святых мужа прозорливыми очами увидели и приветствовали друг друга.
Святитель Никифор 30 лет провел в заточении, терпя скудость, болезни и в 828 г. преставился ко Господу.
При св. императрице Феодоре († ок. 867; память 11/24 февраля) мощи святителя Никифора были обретены, нетленными, перенесены в Константинополь и 13 февраля 846 г. с честью положены в соборном храме св. Софии.