Первоначально был пресвитером в храме Пресвятой Богородицы во Влахерне, а в 693 г., после смерти патриарха Павла (686-693 гг.), был возведен на константинопольскую кафедру. В то время царствовал жестокий Юстиниан II (685-695 гг.). Он, предприняв постройку дворца близ самой церкви Пресвятой Богородицы, повелел патриарху Каллинику дать благословение на разборку храма. Патриарх ответил, что имеет молитвы лишь на созидание храмов, а не на разрушение. Храм все-таки был разрушен.
Вскоре Юстиниана постигло наказание Божие. Он был свергнут с престола и сослан в заточение в Херсон, но через десять лет бежал и, собрав войско, обманом вошел в Константинополь. Он повелел схватить святого патриарха Каллиннка, выколоть ему глаза, отрезать язык и нос и замуровать живого в каменной стене в Риме. Через сорок дней заграждение отпало, святитель Каллиник был найден живым, хотя от изнеможения он едва дышал, и через четыре дня скончался в 705 г. Он был погребен в Апостольской церкви в Риме.