Последними строениями Раифской пустыни были колокольня с надвратной церковью во имя Архистратига Божия Михаила и Троицкий собор. Строительство колокольни было начато в 1889 году на средства и по подряду известного казанского благотворителя Михаила Тимофеевича Атлашкина.

По преданию построение часовни было ознаменовано особым знаком благоволения Божия - один из иноков видел над местом предполагаемого устроения часовни простирающуюся из светлого облака благословляющую длань, другие в это же время слышали колокольный звон по смерти Филарета (предположительно в 1659 г.), погребенного в Спасо-Преображенском монастыре, за благословением на основание монастыря к Казанскому владыке от лица иноков обратился монах Фаддей. Митрополит Казанский и Свияжский Лаврентий благословил это благое дело, прислав к отшельникам для устроения святой обители опытного казанского иеромонаха Савватия. В 1662 г. была построена первая деревянная церковь во имя свт. Евфимия, архиепископа Новгородского. Одновременно возводилась стена с двумя надвратными храмами, один из которых - в честь преподобных Отец в Синае и Раифе избиенных, дал название и самой обители - Раифская пустынь.