Село Ильнеть известно с 1678 года, в дореволюционных источниках известно также под названием Малая Ярыкса. В 18 — 1-й половине 19 вв. жители относились к категории государственных крестьян. Занимались земледелием, разведением скота. В 1871 году в селе была открыта миссионерская школа. В 1887-88 гг. для нее было выстроено здание, одновременно выполнявшее функции церкви Ее так и называют школа-церковь. Расположена она на окраине села. Сейчас это полуразрушенное здание. Хотя оно ныне и в неприглядном виде, с заколоченными листовым заржавленным железом окнами-глазницами. Но жители села надеются восстановить богослужебную жизнь в здании храма.
Проследить историю миссионерской школы-церкви, а вместе с ней и историю деревни, сейчас можно благодаря альбому-летописи, которую сохранил школьный музей. Начал отсчитывать вехи в развитии и становлении Ильнетской школы Николай Тимков, ее директор с 1953 по 1975 годы. По его сведениям, начальное обучение детей в Ильнети было начато в 1875 году Вятским миссионерским обществом Святых Гурия и Варсонофия. Учащихся тогда было не более 10 человек. Сначала занятия проходили в домах крестьян первыми учителями, которые направлялись и чей труд оплачивался Елабужским уездным отделением Сарапульского Вознесенского братства.
В1888 году для миссионерской школы на средства купца Петра Ушкова было сооружено трехкомнатное каменное здание. В одной из комнат был оборудован алтарь с иконостасом для совершения богослужения в праздничные дни.
С постройкой учебного здания количество учащихся резко возросло — приходили дети из деревень: Нижний Выселок, Актазики, Карманково, Монашево, Текашево, Куяново, Н. Купча, В. Купча, Варали, Мари Гондырево, Большая Ерыкса, Верхний Выселок, Крещенский Тыловай, Мари Возжай, Тайшинер, Нижняя Полянка, Татарский Кокшан. Частные дома арендовались для общежития детей. В 1891 году рядом было построено каменное здание поменьше для квартир учителей и их стало двое. Школу преобразовали в двухкомплектную. После революции церковь закрыли, но школа осталась. В 1931 года в Ильнети открыли Школу колхозной молодежи.