Новая колокольня Богоявленской церкви, стоящая на главной улице Казани, представляет самостоятельную архитектурную ценность. Построена в 1894-1897 годах на средства, завещанные купцом 2-й гильдии, потомственным почетным гражданином Иваном Семеновичем Кривоносовым (1810-1892). Первоначальный проект, отклоненный губернской строительной комиссией, выполнил архитектор Г.Б. Руш (это обстоятельство и обусловило то, что авторство в исторической литературе ошибочно приписывалось ему). Осуществлен же был проект архитектора М.Д. Михайлова, который руководил и строительными работами.
Это сооружение представляет собой нечто большее, чем просто колокольня. На втором этаже находился довольно большой храм в честь Обретения честной главы Иоанна Предтечи. Огромная высота, удачная композиция, искусно выложенный из обычного и лекального кирпича декор сделали колокольню важным градообразующим элементом, одним из архитектурных символов Казани.
На возведение колокольни высотой 74 м и двенадцатью колоколами ушло 50 тысяч рублей и около 2 млн. кирпичей. В 1904 на втором ярусе был освещен храм святого Иоанна Предтечи. В 1974 здание реставрировалось с восстановлением утраченной малой главки.
Башнеобразная колокольня, смело выставленная на красную линию главной улицы города, представляет собой акцентированную многоярусную вертикаль, поныне являющуюся высотной доминантой окружающей застройки. Нижний мощный двухэтажный четверик получил развитие вдоль улицы на север и на юг в виде прямоугольных, также двухэтажных объемов-крыльев, завершаемых сквозными гранеными башенками над шатровыми покрытиями и с лепестковыми главками. Над восточным и западным ризалитами четверика возвышались башенки с пятью крестами (частично утрачены). Оригинальное объемно-пространственное решение предполагало сквозной арочный проход с улицы к Богоявленской церкви через первый ярус, над которым размещался храмовый объем, куда вела широкая парадная лестница в северном крыле. Над четвериком вознесен восьмигранный богато пластически обработанный столб колокольни с двумя ярусами звонов, прорезанных крупными арочными проемами. Завершение выполнено в виде главки из луженой стали на граненом барабане. Пышные детали, украшающие сооружение, изготовлены из лекального кирпича и белого камня. Стилистика декора строится на изобразительном сочетании модернизированных древнерусских мотивов с геометрическими формами рубежа 19-20 вв.
Стоит отметить одну особенность архитектурного решения, редко встречающуюся в православных объектах. Среди украшений колокольни на верхнем ярусе есть выложенные из кирпича шестиконечные звезды Давида, а растяжки крестов несут пятиконечные звезды Соломона – библейские символы мудрости.
В 30-годы ХХ столетия колокольню хотели уничтожить в первую очередь. Но, по всем расчетам, при взрыве она должна была бы упасть как столб, раздавив соседние дома. Поэтому и была сохранена.
21 декабря 2013 года в главном здании Государственного музея изобразительных искусств Республики Татарстан был подписан документ о совместном использовании Богоявленской колокольни музеем и Казанской епархией. С этого момента в здании колокольни стали совершаться воскресные и праздничные богослужения, а в остальные дни помещения были открыты для выставок и экспозиций, проводимые музеем.
20 января 2014 года, в день Собора Иоанна Предтечи, митрополит Казанский и Татарстанский Анастасий совершил малое освящение храма в честь обретения главы Иоанна Предтечи в колокольне Богоявленского собора.
18 января 2017 года на Богоявленской колокольне установлены колокола.