Родился 17 марта 1863 года в селе Ватагино Крестецкого уезда Новгородской губернии в семье дворянина, генерала и героя Русско-турецкой войны 1877-1878 гг. Закончил Пятую Санкт-Петербургскую гимназию и поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию, в конце 4-го курса принял монашество, в 1885 году был рукоположен во иеромонаха. После окончания в 1885 году академии был профессорским стипендиатом и помощником инспектора. С 1886 года преподаватель Холмской духовной семинарии. С 1887 года доцент Санкт-петербургской духовной академии по кафедре Священного Писания Ветхого Завета. С 1889 года инспектор Санкт-Петербургской духовной семинарии, с 1890 года ректор Московской духовной академии. С 1895 года ректор Казанской духовной академии. 7 сентября 1897 года рукоположен во епископа Чебоксарского, викария Казанской епархии (оставаясь одновременно ректором).
1 марта 1899 года с открытием в Казани второго викариатства епископ Антоний назначается епископом Чистопольским, первым викарием Казанской епархии, с оставлением в должности ректора. С 14 июля 1900 года епископ Уфимский и Мензелинский. С 27 апреля 1902 года епископ Волынский и Житомирский. В 1906 году возведен в сан архиепископа. В 1912 году был назначен членом Святейшего Синода с оставлением его на занимаемой кафедре. С 14 мая 1914 года архиепископ Харьковский и Ахтырский. Указом Временного правительства 1 мая 1917 года уволен на покой, 16 августа 1917 года вновь назначен архиепископом Харьковским и Ахтырским. В 1917 году на Всероссийском Поместном Соборе был одним из трех кандидатов в патриархи. С 28 ноября 1917 года митрополит. 17 мая 1918 года на Украинском церковном соборе избран митрополитом Киевским и Галицким. В конце 1919 года эмигрировал в Югославию, где организовал Карловацкий собор. Основатель и Первоиерарх Русской Православной Церкви за границей. Умер в августе 1936 года, погребен в Белграде в склепе Иверского храма.
Владыка Антоний (Храповицкий) – один из крупнейших церковных деятелей XX века. Пользовался огромным влиянием на студентов духовных школ, более 60 его воспитанников приняли монашество, почти все они стали архиереями, большинство приняли мученическую смерть. Среди учеников и духовных детей владыки Антония и казанские архиереи Андрей (князь Ухтомский), Анатолий (Грисюк), Иоасаф (Удалов), Никон (Пурлевский). Время ректорства Антония в Казанской духовной академии было периодом ее наибольшего расцвета.