Храм в честь святителя Варсонофия Казанского чудотворца построен в 1901 г. при больнице для слепых на средства казанского мецената И.И. Алафузова. В 1918 г. храм был закрыт. В марте 2010 г. Варсонофьевская церковь была передана Казанской епархии. 25 сентября того же года после 109-летнего перерыва в храме было совершено первое богослужение.

Церковь была построена на средства крупного казанского фабриканта и заводчика, мануфактур-советника, потомственного почётного гражданина Ивана Ивановича Алафузова. Первоначальный проект и смета, утверждённая министром народного просвещения, предполагали строительство небольшого храма без причта. Однако жена Алафузова Лидия Андреевна  пожертвовала сумму, необходимую для постройки и оборудования солидного каменного храма, правда, без колокольни. Строил храм подрядчик всего комплекса зданий клиник Пётр Митрофанович Сушенцов, пожертвовавший в церковь несколько икон. Основную часть икон написал один из основателей и преподаватель Казанской художественной школы Григорий Антонович Медведев (1868 – 1944), иконостас изготовил и установил М.Л. Сухов.

Небольшая одноглавая церковь органично вошла в ансамбль больничных зданий и явилась его своеобразным архитектурным акцентом. Она хорошо просматривается через ограду с улицы Бутлерова. С главным зданием она соединена переходной галереей. Построена в стилизованных формах древнерусской церковной архитектуры, из которой заимствованы килевидные окна, многослойные карнизы, закомары в виде трёхлопастных завершений фасадов четверика храма. Сочетание серой штукатурки и красного кирпича - результат привлечения столичного архитектора Быховского, данная черта не характерна для архитектуры провинциального города.

Освящение храма. Этот храм при новых клиниках Казанского Императорского университета был освящен Арсением, архиепископом Казанским и Свияжским, 21 января 1901 года.

С благословения Его Высокопреосвященства накануне дня освящения 20 января было совершено в новом храме всенощное бдение с акафистом святителю Варсонофию, а 21-го в 8 часов утра освящение воды.

21-го января в 9 часов утра в клинику прибыл Высокопреосвященнейший Арсений и при входе в неё был встречен корпорацией клиники во главе с ректором университета; в церкви же встретили его со св. крестом сослужащие Владыке при освящении храма священнослужители. Освящение храма и Литургия были совершены Его Высокопреосвященством торжественно. За литургией перед Причастием одним из священнослужителей, участвовавших при совершении Богослужения, произнесена была проповедь, а в конце литургии провозглашено было многолетие Государю Императору, всему Царствующему Дому, Св. Синоду, Высокопреосвященнейшему Арсению с богохранимою паствою; вечная память Иоанну (Ивану Ивановичу Алафузову), на пожертвованную сумму которого и был выстроен храм и одна из клиник, и многолетие жертвователям, строителям, учащимся и всем православным христианам.

Церковь была закрыта одной из первых в городе — осенью 1918 года. Иконы, роспись и утварь были утрачены. До 2010 г. в помещении церкви располагался склад, архив, кабинет УЗИ и туалет.

Ныне храм обретает вторую жизнь, второе дыхание. Он был открыт 25 сентября 2010 года — спустя 110 лет со дня своего основания и 92 года — со дня закрытия.