Первый деревянный Богоявленский храм на этом месте существовал уже в конце XVI века. Уже в XVIII веке сложился своеобразный архитектурный комплекс, включавший кроме главного храма зимнюю церковь во имя Андрея Первозванного (снесен в советское время), стоявшую с северной стороны от Богоявленской, невысокую двухъярусную колокольню с шатровым завершением, стоявшую со стороны нынешней улицы Островского (снесена в 1909 году), дом причта, построенный в конце XVIII века, расположенный с западной стороны, и еще один дом, принадлежавший церкви, фасадом на улицу Проломную (Баумана) (стоял на месте нынешнего памятника Шаляпину).
В дореволюционный период приход Богоявленской церкви был одним из самых больших в Казани. Прихожанами были как аристократы и крупные предприниматели, так и простые горожане. 2 февраля 1873 года здесь крестили Федора Ивановича Шаляпина. В советское время, вплоть до закрытия в 1939 году, Богоявленская церковь являлась кафедральным собором. К сожалению, в 1950-е годы храм Андрея Первозванного был снесен, а Богоявленская церковь, в которой находился спортивный зал Казанского университета, была сильно обезображена: снесены главы и заштукатурен декор. Церковь возвращена общине в 1997 году.
Новая колокольня Богоявленской церкви, стоящая на главной улице Казани, представляет самостоятельную архитектурную ценность. Она построена на средства, завещанные купцом Иваном Семеновичем Кривоносовым (ум.1892), в 1895-1897 — по проекту архитектора М.Д. Михайлова. Это сооружение представляет собой нечто большее, чем просто колокольня. На втором этаже находился довольно большой храм в честь Обретения Честной Главы Иоанна Предтечи. Огромная высота — 74 метра, удачная композиция, искусно выложенный из обычного и лекального кирпича декор сделали колокольню важным градообразующим элементом, одним из архитектурных символов Казани.
18 ноября 2012 года основана воскресная школа. Занятия проходят по воскресным дням.
Богослужение совершается ежедневно.
В будние дни:
Божественная литургия — в 8:00
Вечернее богослужение — в 17:00
В четверг в 17:00 — акафистное пение перед иконой Пресвятой Богородицы «Знамение» на распев с прихожанами храма.
В воскресенье:
Ранняя Литургия — в 6:40 в Богоявленской колокольне
Поздняя Литургия — в 8:00 в Богоявленском соборе
Каждый четверг после Божественной литургии совершается водосвятный молебен.
Акафистное пение перед иконой Пресвятой Богородицы «Казанская» — в 17:00