Родился в г. Дамаске ок. 580 года. Получив блестящее образование, он особенно преуспел в изучении философии, за что получил наименование «Премудрый».
Стремясь к духовной мудрости, много путешествовал по монастырям. Прибыв в Иерусалим в монастырь Феодосия Великого, сблизился с иеромонахом Иоанном Мосхом, став его духовным сыном и другом. Странствуя вместе по разным обителям, они записывали жития и поучения подвижников благочестия, составившие впоследствии знаменитую книгу «Лимонарь», или «Луг духовный».
Спасаясь от опустошительных набегов персов, св. Софроний вместе со своим другом удалился сначала в Антиохию, а затем в Египет. Здесь он принял иноческий постриг. В Александрии святые с любовью были приняты патриархом Иоанном Милостивым, которому оказали большую помощь в борьбе с еретиками-монофизитами.
После смерти Иоанна Мосха св. Софроний возвратился в Иерусалим, где в 634 г. был избран на патриарший престол. Более 10 лет он неустанно трудился на благо Иерусалимской Церкви, борясь с ересями монофелитов и монофизитов.
В конце жизни святой патриарх со своей паствой пережил двухлетнюю осаду Иерусалима и его взятие магометанами. Глубоко скорбя о поругании великих христианских святынь, св. Софроний скончался в 641 или 644 г.
До нас дошли сочинения св. патриарха Софрония по догматике, «Чинопоследование великого водоосвящения», «Трипеснцы» (не вошедшие в Триодь Постную), около 1000 тропарей и многое другое.