Родители преподобного Пахомия были язычниками. Богато одаренный от природы, он получил в молодости хорошее образование.
В 312 году он был взят в войско императора Максимиана, который выступил против императоров Константина и Ликиния. Среди трудов и лишений похода молодой воин имел случай познакомиться с христианами и увидеть, как они по заповеди своего Учителя милосердно и с любовью относились к своим страждущим врагам. Он стал молиться Господу Спасителю, еще не будучи христианином, а по возвращении с войны крестился, пошел в пустыню и спасался под руководством одного подвижника, по имени Полемон.
После 15 лет сокровенных духовных подвигов, Господь внушил ему соединить под одно общее правило отшельников, живших отдельно. На одном острове реки Нил (Тавенне) он начал устраивать монастырь. Вскоре этот монастырь не мог уже вместить всех желавших спасаться под руководством преподобного Пахомия, и он вынужден был основать еще несколько монастырей на берегах Нила, неподалеку один от другого. Он же устроил и первый женский монастырь, где его сестра стала первой настоятельницей.
В своих монастырях он ввел устав, обязательный для всех. В основу этого устава легли: целомудрие, смирение, отречение от всего земного и беспрекословное подчинение авве. Монахи жили по трое в каждой келье, вместе занимались рукоделием и вкушали пищу. Все носили одинаковую одежду (нижнюю льняную — без рукавов, верхнюю кожаную, на голове волосяную шапочку — куколь, на ногах сандалии). Несколько раз в сутки по звуку трубы или била монахи безмолвно стекались в церковь. Здесь читали священное Писание, слушали наставления старца, молились, пели псалмы. В воскресение из соседнего селения являлся пресвитер, совершал литургию и причащал иноков. Святой Пахомий не принимал священства и других не допускал к принятию сана, из опасения духа любоначалия и гордости. На работы выходили все, в порядке и молчании, вместе со своим настоятелем. Без благословения старшего никто не смел ни начать новой работы, ни перейти с одного места на другое. Работа, исполненная тем или другим братом, принадлежала не ему, а всей общине. Пища принималась один раз — в полдень и состояла из хлеба, овощей, плодов; в воскресение полагалась вечерняя трапеза. Для того, чтобы все эти правила неизменно выполняюсь иноками, преподобный Пахомий положил принимать желающих поступить в монастырь не прежде, как после годичного испытания. Основанное на таких началах, общество монахов еще при жизни преподобного Пахомия возросло до 7000, а через 100 лет после него до 50000 человек.
Почил преподобный Пахомий в 348 г., на 57-м году своей жизни.