Святой Стефан был побит камнями в Иосафатовой долине ок. 34 года. Перед кончиной первомученик молился о прощении своих убийц. Его страдания видела Божия Матерь и апостол Иоанн Богослов, стоявшие вдали на возвышении и усердно молившиеся об укреплении мученика. Архидиакону Стефану было немногим более 30 лет.
Тело его было взято известным еврейским законоучителем Гамалиилом и погребено в его селении Кефаргамала.
Обретение нетленных мощей первомученика произошло после особого Божественного откровения в 415 г. Вместе с мощами первомученика были обретены также мощи св. праведного Никодима, Гамалиила и сына его Авива.
В 428 г. святые мощи были перенесены из Иерусалима в Константинополь. В Троице-Сергиевой лавре хранится десница св. первомученика Стефана.