В восемнадцатый год после блаженной кончины преподобного Феодосия (✝ 1074 г.; память 3 мая), совершилось перенесение его нетленных мощей из пещеры в Лаврскую церковь. В 1091 году братия святой, великой и чудотворной Печерской Лавры, собравшись вместе со своим игуменом Иоанном, единодушно решили раскрыть место погребения преподобного Феодосия и перенести его святые мощи в соборный Успенский храм. «Следует нам, братия, — говорили они, — всегда иметь перед глазами нашими честную раку нашего отца и всегда приносить ему достойное поклонение. Не удобно ему пребывать в другом месте кроме монастыря и своей церкви, потому что он основал ее и собрал иночествующих». Найти святые мощи было поручено преподобному Нестору летописцу, который впоследствии описал их обретение.
За три дня до праздника Успения Пресвятой Богородицы игумен Иоанн отвел преподобного Нестора к пещере преподобного Феодосия. Осмотрев пещеру, они определили место, где нужно копать. Игумен обители запретил преподобному Нестору сообщать братии о раскопках, пока святые мощи не будут обретены. В помощь ему отец игумен разрешил взять, кого он захочет. Сам блаженный Нестор о себе так свидетельствует: «Глубоким вечером я взял с собою двух братиев, мужей чудной жизни, — более же никто не знал. Когда пришли в пещеру, то, сотворив молитву с поклонением, приступили, немедля, с пением псаломских песен, к делу. Копать начал я; после продолжительного труда, я вручил заступ другому брату. Так копали до полуночи и не могли обрести мощей святого. Тогда мы начали скорбеть и плакать: сначало думали, что святый не благоволит нам явить себя, эту мысль сменила другая, — не копаем ли мы в другой стороне. И затем стали копать с другой стороны. Наступало утро, ударили в колокол к заутрени, а мы все, не переставая, копали. Вдруг чувствую, что достиг гроба; великий страх напал на меня и я начал восклицать: «Господи, помилуй меня ради преподобнаго Феодосия». Сейчас же послал к игумену сказать: «Прииди, отче, изнести честныя мощи преподобнаго». Когда пришел игумен, я еще прокопал землю и мы увидели святые мощи, нетленно почивающия. Все суставы были целы, лицо светло, очи открыты, уста сомкнуты, головные волосы прилипли ко главе. Возложив мощи на одр, мы вынесли их из пещеры. Открытие святых мощей преподобного Феодосия ознаменовано было дивными знамениями и чудесами. Ночью, когда раскапывали могилу преподобного, многие видели необычайно лучезарный свет над пещерой Феодосия, распространявшийся над великой Лаврской церквию, куда были перенесены его святые мощи».
Чудесное знамение видел в эту ночь епископ Владимирский Стефан, который в 1074-1078 годах был игуменом Печерского монастыря. Он находился тогда в Киеве в Кловском монастыре и знал о скором перенесении святых мощей преподобного Феодосия. Когда епископ Стефан увидел ночью над пещерой большое зарево, то подумал, что начали перенесение без него. Тотчас он сел на коня и вместе с Климентом, игуменом Кловского монастыря, отправился к пещере преподобного. Когда они приблизились к пещере, то увидели над ней множество свечей, но, подъехав совсем близко, не видели уже ничего.
В эту ночь в монастыре Печерском бодрствовали два брата, сторожа, когда игумен тайно с неизвестным им братом перенес честные мощи преподобного; и смотрели они прилежно по направлению к пещере. Когда ударили к утрене в церковное било, они заметили, что три столпа, в виде как бы светозарных дуг, постояв над пещерою преподобного Феодосия, переместились на верх великой церкви, куда преподобный имел быть перенесен. Это видели и другие из иноков, идущих к утрене в церковь; видели и в самом городе многие из благочестивых граждан.
14 августа, к празднику Успения Пресвятой Богородицы, собрались епископы Переяславский Ефрем, Владимирский Стефан, Черниговский Иоанн, Юрьевский Марин и Полоцкий Антоний, а также игумены многих монастырей с иноками и множеством православных мирян. Честные мощи преподобного Феодосия были перенесены с подобающими почестями в приготовленное место на правой стороне притвора Успенского собора обители.
Во время перенесения святых мощей шествие останавливалось для отдыха. Мощи были поставлены на пень дерева. Позднее на этом месте был построен храм во имя преподобного Феодосия, он был расположен так, что пень оказался на месте престола.
От гробницы преподобного Феодосия происходили исцеления болящих, во множестве притекавших к святым мощам. И через 18 лет по перенесении честных мощей преподобный Феодосии собором Русской Церкви причислен был к лику святых и память его торжественно празднуется с того времени всею Русскою Церковию.