Пострадал от язычников в 313 году в г. Сорее, недалеко от Никомидии.
Однажды, когда святитель Автоном служил Божественную литургию в храме Архистратига Михаила, язычники напали на христиан. Ворвавшись в храм, они разогнали молящихся, а св. Автонома после истязаний убили, обагрив алтарь церкви его мученической кровью. Тело его они забросали камнями.
Диаконисса Мария извлекла тело св. мученика из под камней и предала его погребению. Мощи святителя Автонома прославились чудесами и исцелениями. На месте его погребения была воздвигнута впоследствии церковь.