Родом из селения Малой Немнюшки Пинежского уезда Архангельской губернии. Преподобный с юности имел желание к иноческой жизни. Услышав в храме слова о том, что кто принимает на себя иноческий образ, того Господь причисляет к Своим избранным, святой тайно оставил родительский дом и пришел сначала в Великий Устюг, а затем принял постриг в Пыскорском монастыре Пермской губернии.
От непрестанных трудов и великих подвигов преподобный тяжело заболел и был близок к смерти. Во время болезни он имел видение св. Ангела Хранителя и святителя Николая, который и исцелил его. С этого времени преподобный стал подвизаться еще усерднее и получил от Бога дар чудотворения. Некоторые из братии позавидовали славе преподобного, и блаженный, чтобы избежать раздоров, удалился в пустынные места на реке Мулянке. Здесь он много потрудился над обращением ко Христу язычников-остяков и уничтожил почитаемую ими как бога ель.
Перейдя на реку Чусовую, святой устроил здесь Успенский монастырь. Другая обитель была основана им на реке Вятке, близ г. Клыкова (Вятки). Несколько раз по монастырским делам св. Трифон путешествовал в Москву. Бывал преподобный и в Казани, где в одной из бесед с митрополитом Казанским Гермогеном предрек ему патриаршество и мученическую смерть.
Скончался преподобный глубоким старцем 8 октября 1612 г. и был погребен в созданном им Успенском монастыре.