Родился в 752 г. в селении Марикати (Вифиния) и в молодости служил отечеству на поле брани, обладая удивительной силой и мужеством. Оставив суету мира, он по совету опытных в монашеском делании старцев еще два года прожил в монастыре, где привыкал к иноческому послушанию, монашеским уставам и правилам. После этого по внушению Божию преподобный удалился в пустыню.
Лишь через двенадцать лет подвижнической жизни отшельник принял монашеский постриг. Три года после пострига святой провел в затворе, после чего отправился в Хелидон к великому постнику Георгию. Подвижники прожили вместе три года. За это время преподобный Иоанникий выучил всю Псалтирь. Господь наградил святого Иоанникия высокой мудростью, прозорливостью и даром чудотворения. Своими богодухновенными речами подвижник многих обратил от иконоборческой ереси. Имея дар прозорливости, предсказал скорую смерть царя Никифора и сына его Ставрикия, возведение на Константинопольский престол патриарха Мефодия и при нем прекращение иконоборческой ереси.
Достигнув глубокой старости, св. Иоанникий поселился в Антидиевой обители и пробыл там в затворе до своей кончины. Семьдесят лет провел в подвигах преподобный Иоанникий и достиг высокого духовного совершенства. По милости Божией святой стяжал дар пророчества. Преподобный старец во время молитвы поднимался над землей. Однажды перешел разлившуюся в половодье реку. Святой мог сам становиться невидимым для людей и делать невидимыми других: так, однажды преподобный вывел из темницы пленных греков на глазах у многочисленной стражи. Яд и огонь, которыми хотели уничтожить святого завистники, не причиняли ему вреда, хищные звери не трогали его. Известно, что он освободил остров Фас от множества змей. Преподобный Иоанникий также спас юную монахиню, готовую покинуть монастырь ради замужества. Он взял на себя мучившую девушку страсть, а сам постом и молитвой уничтожил вражеское нападение.
Предузнав свою кончину, святой отошел ко Господу 4 ноября 846 г. в возрасте 94 лет. Господь прославил Своего угодника даром чудотворений и по смерти.
Молитва преподобного Иоанникия: «Упование мое Отец, прибежище мое Христос, покров мой Дух Святой» — и доныне употребляется Церковью в несколько измененном виде.