Родилась в городе Пергии Памфилийской (Малая Азия) в V веке. Быв выдана замуж, преподобная Матрона смиряла свою плоть воздержанием и постом, за что ей приходилось претерпевать притеснения со стороны мужа. Она просила Господа, чтобы Он освободил ее от тяжелого ига супружества, которое ей было великим препятствием к богомыслию, и привел к безмолвному житию, дабы она беспрепятственно могла благоугождать Ему единому. После долгих колебаний св. Матрона дочь свою отдала на воспитание благочестивой старице Сусанне, а сама остригла волосы и, переодевшись в мужское платье, пришла в монастырь преподобного Вассиана (V в.; память 10/23 октября).
Преподобная Матрона выдала себя за евнуха Вавилу и была принята в число братии. Святая пребывала в постоянном молчании и многих трудах, строго соблюдая себя, чтобы не быть узнанной братией, которые удивлялись, добродетелям Вавилы. Через некоторое время игумену монастыря преподобному Вассиану было во сне откровение, что евнух Вавила — женщина. Призвав св. Матрону, он сурово потребовал ответа, но, убедившись в чистых и непорочных ее намерениях, благословил перейти ей в женский монастырь в город Емес. Живя в обители добродетельно, в обычных своих подвигах, она превосходила всех смирением и была примером трудного пути, ведущего в Царство Божие. Спустя немного времени скончалась игумения монастыря, и преподобная Матрона была избрана всеми единодушно игуменьей. И, будучи игуменией, она ревностно заботилась о спасении порученных ей сестер.
Слава о ее добродетелях, о чудесном даре исцелений, который она стяжала от Господа, распространилась далеко за стенами монастыря. Услышал о преподобной и муж ее. Скрываясь от его преследований, св. Матрона тайно ушла в Иерусалим на гору Синай, оттуда в Берит, где поселилась в заброшенном языческом храме. Местные жители узнали о ее затворе и стали приходить к ней. Многих святая подвижница отвратила от языческого нечестия и обратила ко Христу. Возле жилища преподобной стали селиться женщины и девицы, и вскоре возник новый монастырь. Исполняя волю Божию, открытую ей в видении, святая покинула Берит и отправилась в Константинополь, где по благословению своего духовного отца, преподобного Вассиана, основала женский монастырь, куда переехали и сестры из Беритской обители. Константинопольский монастырь преподобной Матроны был известен строгостью иноческого устава и добродетельной жизнью сестер. В глубокой старости, в возрасте 100 лет, 75 из которых она провела в иноческих подвигах, преподобная Матрона, благословив сестер, тихо отошла ко Господу около 492 г.