Протоиерей Василий Ягодин родился в 1870 году в селе Ключи Пензенской губернии в семье священника. Окончил Пензенскую духовную семинарию. С 1895 года – военный священник в укреплении Чикишляр Закаспийской области, с 1904 года – священник 221-го пехотного Троицко-Сергиевского полка в Москве. С 1911 года – настоятель собора в крепости Свеаборг в Финляндии. В 1918 году назначен в храм Харитона Исповедника в Москве. В 1931 году арестован, обвинен в антисоветской деятельности на том основании, что его храм посещала православная жена председателя Чехословацкой миссии. Через три дня освобожден за недоказанностью вины. Весной 1937 года назначен настоятелем московского Богоявленского кафедрального собора в Дорогомилове. Арестован вместе со всем причтом 11 декабря 1937 года. Один из лжесвидетелей показал, будто отец Василий связан с высшим офицерским составом царской армии и привлекал к Церкви молодежь. Виновным себя не признал. Расстрелян по приговору «тройки», погребен в общей могиле в Бутове под Москвой.