Был сыном богатых и знатных родителей, живших в Константинополе в V веке. С юности возлюбив Христа больше всего земного, упросил родителей подарить ему Евангелие, чтобы, читая, делом исполнять написанное. Встретив инока из обители «Неусыпающих» и желая жития иноческого, тайно ушел из дома, взяв с собой Евангелие, подарок родителей. Приняв постриг, преподобный Иоанн прожил в обители шесть лет и превзошел многих иноческими подвигами.
Желая увидеть родителей, под видом нищего вернулся в Константинополь и поселился у ворот родительского дома в куще (то есть в палатке, откуда и наименование святого — Кущник), не открывая себя. Родители посылали ему пищу со своего стола, как милостыню Христа ради.
Три года, притесняемый и оскорбляемый, прожил он в этой куще, терпя голод, холод и зной, непрестанно беседуя с Господом и святыми Ангелами. Всегда с ним было Евангелие, подаренное родителями, откуда черпал он глаголы вечной жизни.
Перед кончиной преподобному в видении явился Господь, открыв ему, что приходит конец его скорбям и через три дня он будет взят в Царство Небесное. Преподобный Иоанн открылся родителям и мирно почил в возрасте не более 25 лет. На месте его кончины родители святого воздвигли храм и приют для нищих и бездомных. Мощи святого Иоанна Кущника находились в Риме.